在2020年5月3日至2021年1月16日期间，南非报告有106,000多人死亡，这表明Covid-19大流行造成的死亡人数可能比官方统计数字高得多。

南非医学研究理事会（SAMRC）的数据基于每周在全国人口登记簿上记录的死亡人数。 通过考虑未在人口登记册上的人数和未充分记录的死亡人数，这些指标已按比例扩大以估计实际死亡人数。 将估计的数字与根据2018年和2019年的历史数据得出的预期数字进行比较。

虽然过量死亡可能不是直接由Covid-19感染引起的，但诸如医院拥挤和大流行引起的资源不足等问题可能导致了这一高发病率。 最近的数据显示，在1月的第一周（2021年1月3日至9日），有13766人死于自然原因，在第二周（2021年1月10日至16日）则增加到16093人。

SAMRC表示，每周超自然死亡人数是7月（2020年7月19日至27日）第一波大流行期间报告的超过自然死亡人数最高的6673人的两倍多。

在星期日（1月24日），南非报告了8147例新的Covid-19病例，报告的总数为1,412,986。 死亡人数已达40,874（每天增加300），而康复人数已攀升至1,230,520，使南非剩余的案件为141,592。

东开普省

SAMRC说，东开普省因自然原因造成的死亡人数已经转向并且正在减少。 其数据显示，第二波的每周死亡高峰发生在第53周（2020年12月27日至2021年1月2日），并且比在全省（1,436）第一波的峰值发生的自然死亡人数高得多（2,413）。

纳尔逊·曼德拉湾（Nelson Mandela Bay）第二波自然死亡人数继续减少。 它说：“布法罗市的死亡人数也有所减少，但仍高于预测的上限。”

西开普省

西开普省因自然原因造成的死亡人数在2020年第53周（2020年12月27日至2021年1月2日）达到顶峰，造成1,480例额外死亡，并且已经开始减少。

SAMRC说，在开普敦市记录的自然死亡人数正在迅速减少，第二波的峰值比第一波的峰值高约40％。 KZN 夸祖鲁-纳塔尔省因自然原因造成的死亡人数继续增加，但在过去一周中有所下降。 第2周（2021年1月11日至16日）的自然死亡人数增加到创纪录的5,070人，是第一波1,543人死亡高峰的三倍多。 到第二周（2021年1月16日）结束时，该省自2020年5月3日以来累计超过26,260人。

SAMRC说：“ eThekwini市自然原因造成的死亡人数在第一周（2021年1月3日至10日）达到1,146例额外自然死亡的高位，是2020年第30周第一波高峰的523例以上的自然死亡人数的两倍多。死亡，”

豪登省

豪登省因自然原因死亡的人数增加在第2周（2021年1月10日至16日）有所放缓，到2021年1月16日累计死亡18,934人。 SAMRC说，尽管约翰内斯堡和eThekwini仍在增长，但首都茨瓦内可能已达到顶峰。