攻占比勒陀利亚之后，罗伯茨的4万部队在原地休整。但英军从开普敦到比勒陀利亚的漫长补给线受到了仍在抵抗的布尔人的袭击。此时德兰士瓦和奥兰治的主要城市和铁路线已经被全部占领，布军开始转入游击战。在约翰内斯堡和比勒陀利亚两地，英军还挫败了多起布尔人的暴动企图。

罗伯茨将军于1900年11月29日离开比勒陀利亚，回国接任英军总司令的职务。他将南非军队的指挥权交给基钦纳勋爵，伊安·汉密尔顿勋爵（Lord Ian Hamilton）接任参谋长。

退出城市的布尔军队此时已经化整为零，组成多股游击队。布尔人的游击队在德韦特、德拉瑞、博塔、扬·史末资和詹姆斯·赫尔佐格（James Hertzog）等人的领导下，发挥野战骑射之长，袭击英军交通线，掠取英军给养，歼灭小股英军。1900年12月至1901年4月，布尔游击队在博塔和德韦特的指挥下深入英属开普殖民地作战。1901年4月到9月的冬季战役中，布军游击队对德兰士瓦和奥兰治的英军发动多次偷袭，并屡屡得手，俘获大量军火、给养和大炮。1901年9月至1902年5月，史末资和赫尔佐格再次进入开普殖民地。他们率领5000名骑兵，分成若干小股游击队，奔袭千里，深入英军大后方，一直推进到大西洋沿岸和开普敦近郊，迫使英国在开普地区宣布戒严。

为了早日结束战争，从1901年3月开始，基钦纳采取碉堡战术、焦土政策和设置集中营来对付布尔人的游击队。在布尔游击队活动的地区，英军架设铁丝网，将布尔共和国分割成若干绥靖区域，进行分区扫荡。铁丝网的总长度达6000公里。绥靖区内每隔1至2公里设一座木板碉堡，派士兵驻守，凡是有人走近碉堡射程，一律射杀。共设置了八千多座碉堡。在这些绥靖地区内，凡发现布尔农场主帮助游击队，则周围10英里内的农场、房舍一律烧毁。此外，基钦纳还一改以往对战俘的宽大政策，投降、被俘的游击队成员，以及参加过游击队的成年男性公民，一律流放到遥远的印度、锡兰和百慕大战俘营。在开普殖民地和纳塔尔殖民地，凡有响应“拿起武器”的号召的荷裔英国公民，一旦被俘皆判处死刑。

为了彻底消灭游击队的活动基础，基钦纳下令先后将13.6万名布尔人妇女，儿童和老人以及8万多黑人仆役统统从被焚毁的农场上抓走，用敞蓬货车或牛车运到一起，关进集中营。

南非的集中营首创于1900年9月，起初是收容那些家园被焚毁的布尔军人家属的难民营，基钦纳在1901年将其改造为关押所有布尔平民的集中营。南非境内的集中营有50多座，分布在开普、德兰士瓦、奥兰治和纳塔尔的铁路线两侧，以及约翰内斯堡、布隆方丹、德班等大城市近郊。集中营内实行严格而苛刻的配给制度。每人每天0.75磅淀粉（约340公克，可能是玉米粉、面粉、白米或马铃薯），一盎司咖啡（约28.35公克），两盎司砂糖，半盎司食盐，每周一磅肉（若是游击队亲属，就算是妇女、儿童亦不给肉[7]）。婴儿和六岁以下的儿童每天可以领到四分之一夸脱的牛奶。黑人集中营的情况更糟，但是他们可以得到黑人亲友的接济，也可以在宣誓效忠英国后被释放。集中营的四周环绕铁丝网，凡有试图翻越逃跑者一律射杀。集中营内人口密度极高，营养不良，帐篷、毯子、衣服和药物奇缺，瘟疫流行，死亡率极高，奥兰治地区白人集中营的死亡率在1901年10月曾高达40.1%。

集中营的高死亡率严重动摇了布尔人的士气，同时也使英国人的形象在全世界面前一落千丈。英国妇女埃米莉·霍布豪斯为集中营的状况所震惊，向国内提交了一份长达15页的报告，描述了集中营内的惨状。霍布豪斯小姐被英国政府宣布为“祖国的敌人”，立即逮捕并驱逐出境。但是她回欧洲后坚持斗争，得到了广泛的支持。在野的自由党以青年的威尔士民族主义者大卫·劳合-乔治为首，猛烈抨击保守党和陆军的野蛮政策。瑞士、德国、荷兰、法国、美国派出了视察人员，欧美各国向集中营内的平民捐赠了大量物资。在国际和国内舆论的强大压力下，英国议会不得不派出调查团前往南非。在对基钦纳和集中营官员进行了严厉的批评后，集中营的配给和医疗条件方得以改善，死亡率迅速跌落到2%。

整个布尔战争期间，死在集中营内的布尔平民共有27927人，其中包括1676名老人，4177名妇女和22074名儿童。