由于从威尼斯的商人们取得的香料太过昂贵，当时西班牙、葡萄牙、英国、丹麦、瑞典、荷兰兴起海上冒险，建立起香料贸易，葡萄牙率先进行大航海时代的先锋，由葡萄牙人瓦斯科·达伽马担任指挥官，奉葡萄牙国王曼纽一世之命，出海寻找基督信仰的东方君王，并前往印度取得辛香料，达伽马以优势武力控制印度洋海域。

于16世纪，葡萄牙在东印度设置商馆及要塞，这包括东南亚（麻六甲）、印度（古里、果亚、布利格德、科钦、科伦坡）、阿拉伯半岛（马斯喀特、霍尔木兹）、非洲（马林迪、蒙巴萨、基尔瓦基斯瓦尼、莫桑比克），并且有商业发展，主要是香料。

荷兰作为欧洲贸易要角也不落人后；1580年代，一群荷兰商人借机派浩特曼（Cornelis de Houtman）至葡萄牙刺探航道商情，1592年发现一条从欧洲经过好望角到印度尼西亚的新航道。

1595年4月由四艘船组成的船队配备100门以上的火炮，载着10万荷兰盾以上的银币与白银及许多商品（应为产自西欧、北欧或是荷兰本地的特产品:艺术品、刀剑、宝石加工品）根据葡萄牙的海图资讯，船队还是遭遇到许多灾难，花了15个月的时间才抵达爪哇岛西部的万丹，途中损失许多水手，船员247人锐减至87人，最终抛弃一艘船，将船员集中在其他三艘，花了2年4个月的时间，在1597年8月终于回到荷兰，船队将贸易或是武力得来的商品卖出，投资的人据说没有亏损。

这群商人便成立一家公司，利用这个资讯往东印度地区发展。从1595年4月至1602年间，荷兰陆续成立了14家以东印度贸易为重点的公司，受到季风限制，许多船队几乎在同一个时间抵达东方，采买相同商品，导致当地进货价格飙升，将同样商品带回造成价格滑落，为了避免过度的商业竞争，该国14家公司于是合并，成为一家联合公司，也就是荷兰东印度公司。荷兰当时的国家议会授权荷兰东印度公司在东起非洲南端好望角，西至南美洲南端麦哲伦海峡，具有贸易垄断权。

荷兰东印度公司由位于阿姆斯特丹、米德尔堡、恩克赫伊森、代尔夫特、荷恩、鹿特丹六处的办公室所组成，其董事会由60位代表组成(阿姆斯特丹20人、泽兰12人、其余分部各7人)董事的职位从一开始就属于终身制，但真正握有实权的只有常务董事17人，被称为十七绅士（Heren XVII），由十七绅士召开的常董会议，每年举行两到三次，分别是阿姆斯特丹8人、泽兰省4人，其他地区各一人，最后一名代表则从阿姆斯特丹之外的五个分部中轮流选出代表担任，避免阿姆斯特丹代表在会议中占了半数的比例。

尼德兰地区受到十六世纪发生宗教改革的影响，许多人改宗喀尔文派，成为新教信徒，由于荷兰人反抗身为领主的佛兰德伯爵即西班牙国王谨慎的菲力普“强迫推销旧教”，也因此，许多比利时的新教徒移居到荷兰，尤其是资本家，他们多移居荷兰阿姆斯特丹地区，也成为东印度公司的资本来源。

荷兰政府透过授权五项事件，入股荷兰东印度公司，折合现金，价值25,000荷兰盾。第一，发动对其他国家的战争；第二，审判犯人并可以对其实施拘留或监禁；第三，与其他国家和议或谈判；第四，发行货币；第五，建立殖民地及要塞。予东印度公司将这些特权垄断贸易，如此一来，荷兰人民对于荷兰东印度公司有相当的投资信心。

17世纪荷兰商业公司所占领的土地，荷兰东印度公司所占有的地区以浅绿色表示，范围含盖了印度洋与大西洋中的圣赫勒拿岛

1619年，荷兰东印度公司在爪哇的巴达维亚（今印尼的雅加达）建立了总部，主要是负责与亚洲各交易站的货物转运，其他的据点设立在东印度群岛、香料群岛上。

到了1669年时，荷兰东印度公司已是世界上最富有的私人公司，拥有超过150艘商船、40艘战舰、20,000名员工、与10,000名佣兵的军队，获利同样惊人，股息高达40%，股东也不断的要求提高股息，这也为荷兰东印度公司的解散埋下其中一个伏笔。 荷兰东印度公司解散的主要原因在十八世纪时，荷兰与英国之间的战争不断，两国在1780年-1784年间的战争，由于国内对于亚洲货品的需求量大减，导于荷兰东印度公司的经济出现危机，终于在1799年12月31日宣布解散。公司遗址为现今阿姆斯特丹大学校舍。