1955年2月，曼德拉参与阻止拆除约翰内斯堡的黑人城镇索菲亚镇的抗议失败后，得出的结论是非国大“别无选择，只能进行武装和暴力反抗”。他建议西苏鲁求助于中华人民共和国，请求支援军备武器。但尽管中国支持反种族隔离斗争，中国政府认为该运动还不成气候，无法打游击战。在南非印第安人大会、有色人种大会、南非工会联合会和民主大会的共同参与下，非国大策划了一场人民大会，呼吁所有南非人为后种族隔离时代提建议案。鲁斯蒂·伯恩斯坦（Rusty Bernstein）负责根据人民的反馈起草了一份《自由宪章》，宪章中呼吁建立一个民主、非种族主义的国家，并将主要产业国有化。在1955年6月的克利普镇大会上，3000名代表与会并通过了宪章。虽然大会当场被警察镇压了，但《自由宪章》仍是曼德拉思想体系的核心部分。 1955年第二次禁令后，曼德拉出差到特兰斯凯与当地部落领袖探讨了1951年《班图权力法》的影响，并在探望了母亲和养母诺英格兰德后启程到开普镇。1956年3月，他收到了第三次禁止公开露面的禁令，限制他五年之内不能进入约翰内斯堡，但他常常违抗之。曼德拉的婚姻破裂，伊芙琳离开他，带着他们的孩子到他的弟弟家生活。1956年5月，伊芙琳发起离婚诉讼，称曼德拉曾对她施暴；曼德拉否认指控，并争取孩子的监护权。伊芙琳于11月撤销了离婚诉讼请求，但曼德拉于1958年1月提出离婚；离婚手续于3月办理完毕，孩子判由伊芙琳抚养。离婚诉讼期间，曼德拉开始追求一名社工维尼·马蒂奎兹拉（Winnie Madikizela）并促使她参与政治，他们于1958年6月14日结婚。维尼后来参与到非国大的活动中，期间坐了数周的牢。

1956年12月5日，曼德拉与大部分非国大领导层因犯“严重叛国罪”而被捕。在群众的抗议声中，他们被关押在约翰内斯堡监狱，并于12月19日在排演厅接受了预审后准许保释。辩方的辩驳始于1957年1月9日，由辩护律师弗农·比让吉（Vernon Berrangé）监督，并持续至9月休庭为止。1958年1月，奥斯瓦尔德·皮若（Oswald Pirow）法官被任命审理此案，2月他裁定“有充分理由”把被告移至德兰士瓦省最高法院受审。1958年8月，正式的叛国罪审判于比勒陀利亚进行，被告成功申请把原来的三位与执政的国民党有关联的法官更换掉。8月，一项指控被撤销；10月，控方撤回起诉，并于11月重新递交一份新的控诉，指控非国大领导层因鼓动暴力革命而犯严重叛国罪。被告否认该项指控罪名。1959年4月，那些不满非国大统一战线手段的激进泛非主义者成立了泛非主义者大会（泛非大）；曼德拉的朋友罗伯特·索布奎（Robert Sobukwe）当选泛非大主席，但曼德拉认为该组织“尚未成熟”。1960年5月，非国大和泛非大都举行反通行证运动。运动中，非洲人把本来法律规定必须随身携带的通行证烧毁。泛非大组织的其中一次示威游行中，警方向群众开火，造成沙佩维尔大屠杀，69名示威者死亡。曼德拉为表团结，当众烧毁自己的通行证。同时，全国各地骚乱爆发，政府宣布实行戒严令。政府采取紧急状态的措施，于3月30日抓捕曼德拉和其他积极分子，在未经起诉的情况下，直接把他们送进脏乱的比勒陀利亚地方监狱关押。非国大和泛非大也于4月被禁。这使得辩护律师很难与他们取得联系，而且根据此前的约定，叛国罪审判的辩方应退出抗议行动。8月底紧急状态解除后，被告从监狱释放，在庭上进行自我辩护。曼德拉里用空余时间于3月在纳塔尔省的彼得马里茨堡附近举行了一场全体非洲人会议，1400名反种族隔离代表与会，并同意进行一次不出门罢工行动，纪念5月31日南非成为共和国。1961年3月29日，经过长达六年的审讯后，法官们作出无罪的裁断，使政府难堪。