在大约2500年前，班图人（英语：Bantu是撒哈拉以南、非洲中部、东部至非洲南部300–600个非洲族裔的统称。他们承袭共同的班图语言体系和文化。在很多班图语言中，“班图”就是“人”的意思。他们最早生活在现代喀麦隆和尼日尔东部，主要的经济活动包括养牛、种山药、炼铁。在约三千年前，他们在西非占多数，然后南下排挤了俾格米人与布希曼人，在大约公元300年到达南非。）开始由尼日尔河三角洲向南非移民。由于在南非的桑人与说班图语的人都没有自己的书写系统，使得南非该时期的历史只能从考古文物中探寻。

到了公元前1200年左右，通向非洲北部的贸易网开始形成。此外，各宗教的领导人在该时期开始出现，其角色超越了通常意义上的国王或皇后。宗教领袖一般为社区的精英成员，且自称拥有预测未来等某种超自然能力。

公元4世纪或公元5世纪时，林波波河以南（即今南非与博茨瓦纳及津巴布韦的北部边界）就已经出现使用铁器的班图农民与牧民的定居点。班图人慢慢向南移动，期间征服并吸收了说科伊桑语的科伊科伊人与桑人。随着班图人持续地小规模迁移至南非，他们逐渐与本地的科伊桑人杂居，这点已在南非一些洞穴岩画上得以证实。包括科萨语及祖鲁语在内的某些南部班图语言均吸收了不少较早期科伊桑语的辅音。此外，考古学家亦在班图人的定居点里发现许多科伊桑人的文物。据信，夸祖鲁-纳塔尔省于1050年左右就已经出现最早的炼铁作坊。在林波波河最南端的一批人为科萨人，其语言包含早期科伊桑语的部分特征。后来，科萨人到达位于现今东开普省的大鱼河。由于班图人在人口及文化方面（铁器时代文明）均占据优势，他们于迁徙过程中逐渐替代或吸收了当地原住民。在普马兰加省发现了几个石圈及命名为“亚当日历”的石头排列。

通过与来往印度洋，南到现今莫桑比克的穆斯林商人贸易，南非成为了商业中心。当中，交易商品包括由本地生产的黄金、象牙，以及产自遥远的中国的瓷器、玻璃球等。