南非拥有一些世界上最古老的考古与人类化石遗址。考古学家已经从豪登省的一系列洞穴中回收大量化石及遗骸。联合国教科文组织将该地区列为南非世界遗产之一，称为“人类的摇篮”。列入世界遗产的范围包括世上发现最多人类化石地点之一的斯泰克方丹、斯瓦特克朗斯、克罗姆德拉伊保护区的贡多林洞穴、库珀洞穴以及马拉帕。1924年，雷蒙德·达特在西北省的一个小镇塔翁附近发现首颗人类化石——塔翁小孩。后来，考古学家在林波波省的马卡潘斯盖、自由邦省的科尼利亚与弗洛里斯巴德遗址、夸祖鲁-纳塔尔省的边境洞穴、东开普省的克莱西斯河洞穴，以及西开普省的品尼高点、先民堡与酒窖洞穴发掘了更多人类遗体。

这些发现表明，南非在约300万年前就已经存在包括非洲南猿等的各种原始人类物种。其余的物种包括南方古猿、匠人、直立人、罗得西亚人、弗洛里斯巴德头骨、纳莱迪人以及现代人。当中现代人至少有17万年的时间居住在非洲南部。

研究人员在瓦尔河河谷内找到各种以卵石所制造的工具。

从大约公元前500年起，桑人在非洲南部建立了包括狩猎采集等以畜牧业为主导的经济活动。牲畜给桑人群体带来个人财产及社会归属的意识。随着桑人社会结构的巩固与扩张，桑人酋长的地位亦因而得到发展。这些桑人中的牧民被称为“科伊科伊人”（意为“一般人”），至于当中的定居者则称作“布须曼人”（意为“丛林人”）。经过长期通婚与混血后，这两个族群形成科伊桑人。该时期的科伊科伊人沿着南非的海岸发展起来，而较小规模的桑人则继续于南非内陆定居。