蒸馏的技巧可能来自公元前两世纪于美索不达米亚的巴比伦人，当时他们蒸馏香水及香精，不过对于考古证据的诠释依然存有不确定性及讨论空间。而最早能够确定的蒸馏技术则是于公元一世纪在埃及亚历山大港由希腊人所使用，但是那并非用于蒸馏酒精。中世纪的阿拉伯人采用了希腊人的蒸馏技巧，阿拉伯文的文字记录开始在九世纪出现，不过这些依然不是用来蒸馏酒精。蒸馏技术由阿拉伯人传递给了拉丁人，而最早的记录出现在12世纪早期。最早的酒精蒸馏记录来自于13世纪的意大利，当时蒸馏酒精的来源为葡萄酒。早期蒸馏技术的叙述来自Ramon Llull，它广泛的被中世纪的修道院所使用，大多用于制药，以治疗像是胀气或天花等。

蒸馏的工艺在15世纪前传播到了苏格兰及爱尔兰，和欧洲其他地区常见的蒸馏“生命之水”一样，主要用途为制药目的。药用蒸馏技术最终由当时的专业医疗人员传递给世人。最早可知提到威士忌的著作是于17世纪一部叫“Annals of Clonmacnoise”的爱尔兰编年史，当中提到首领在圣诞节时因“喝了太多的生命之水”而身亡。在苏格兰，最早威士忌制造的证据来自于1494年皇家金库卷轴中的一笔条目，上头写着“以国王的命令，将麦芽送至修道士John Cor手上以制造生命之水，足以生产大概500瓶”。

史料显示苏格兰国王詹姆斯四世相当喜爱苏格兰威士忌，在1506年于丹地手术医师公会收购了大量的威士忌，当时公会具有独占生产的地位。16世纪宗教改革运动盛行，英国国王亨利八世推行了英格兰宗教改革，在1536至1541年期间解散了大量天主教的修道院，也迫使许多天主教修道士还俗，这些修道士为了自力更生，也开始在农场与家中自制威士忌。

这时的蒸馏技术依然还在起始阶段，当时的威士忌本身并无法陈年，因此与现代的威士忌相比，尝起来浓烈又粗糙。文艺复兴时期的威士忌还是非常强劲也不会被稀释。不过随着时代演进，威士忌渐渐成为了较柔顺的饮品。

因自1608年就持有爱尔兰威士忌的酿造许可证，位在北爱尔兰的老波希米尔蒸馏厂是世界上最古老的有牌威士忌酒厂。

在1707年联合法令英格兰与苏格兰合邦，在那之后税率急剧的上扬。

1725年麦芽税开征后，多数的苏格兰酒厂要不是倒闭就是被迫地下经营，大众把苏格兰威士忌藏进教堂、祭坛、墓园，甚至棺材等任何空间，以躲避税官的查缉。苏格兰的酿酒人用自制的蒸馏器，并在黑夜中蒸馏烈酒，如此烟雾在夜色中才不会被发现，而“月光”(Moonshine)因此而得名，用来泛指私酿酒。在这时间，估计有超过一半产量的苏格兰威士忌是非法的。

威士忌在美国独立战争中被用来当作货币，乔治·华盛顿在维农山庄拥有一座大型蒸馏厂。因英国美洲殖民地腹地和不健全的交通网络，农夫们觉得将玉米制成威士忌，利润较高，也较容易运送至市场。在美国历史上，威士忌是相当受渴求的货物，所以当1791年对于威士忌额外的消费税开始征收后，爆发了威士忌暴乱。

饮用苏格兰威士忌的习惯在19世纪传到了印度。第一座蒸馏厂在1820年建于印度卡绍利，酒厂的营运很快地转移到了附近的索兰，靠近印英的夏都西姆拉，那里有着充沛的泉水供给。

1823年英国通过了消费税法，以法治规范了烈酒蒸馏，这也才实际的终结了苏格兰私酒的大规模制造。

1831年Aeneas Coffey注册了“考菲蒸馏器”(连续式蒸馏)，让蒸馏威士忌的成本更低也更有效率。1850年Andrew Usher开始生产一种调和威士忌，混合了传统的塔式蒸馏以及考菲蒸馏所产出的威士忌。这种新的蒸馏方式遭到爱尔兰酿酒人嘲笑，他们坚持使用传统的蒸馏塔，许多爱尔兰人争论新蒸馏法所产出的烈酒在事实上不能被称为威士忌。

1880年代，法国的白兰地产业遭到根瘤蚜虫害重挫，摧毁了大部分的葡萄田，因此造成威士忌成为了许多市场上的主要酒品。

在从1920至1933年美国禁酒令期间，所有酒精浓度千分之五以上酒品销售一律禁止。不过美国政府开放了“药用威士忌”，威士忌能够透过医生开立处方笺并在有执照的药局中取得，这让美国的连锁药局Walgreen从原本的20间店扩张至400间，医生也为了讨好“患者”，随意开立“威士忌处方”，透过“威士忌处方”，每年发放了超过一百万加仑的酒，主要都是威士忌，公家也不愿理会或查禁。